Οι Βυζαντινοί Μεσαιωνικοί αιώνες είναι μια πολύ ταραγμένη περίοδος, κατά την οποία το νησί της Χίου θα δεχτεί πάνω από 15 μικρές ή μεγάλες επιδρομές. Άραβες, Ενετοί, Σελτζούκοι, Καταλανοί, Φράγκοι, Σαρακηνοί, Ιππότες της Μάλτας, ξανά οι Βυζαντινοί, και στο τέλος Γενοβέζοι και Οθωμανοί, θα επιδράμουν ο ένας μετά τον άλλον και το νησί θα αλλάξει χέρια πολλές φορές. Δείγμα και αυτό της στρατηγικά δεσπόζουσας θέσης του, στη καρδιά του Αιγαίου και της πλούσιας παραγωγής του.
Ωστόσο, όλες αυτές οι επιδρομές όπως είναι φυσικό θα καταστρέψουν και θα ερημώσουν πολλές φορές τις πόλεις και τα χωριά. Ο λόφος πάνω στον οποίο βρίσκεται το σημερινό Πιτυός γειτνιάζοντας με τον στρατηγικής σημασίας λιμένα του Δελφινίου και ελέγχοντας την μοναδική οδό που οδηγεί από τα βορειο-ανατολικά προς τα νοτιοδυτικά του νησιού, έχει μια εξαιρετικά επίκαιρη θέση. Η ανάγκη οχύρωσης είναι πλέον ζήτημα ζωής ή θανάτου.
Βυζάντιο
Έτσι λοιπόν, την περιοχή του σημερινού Πιτυός, όταν τη Χίο θα ανακτήσουν προσωρινά οι Βυζαντινοί, στο Κύκνειο Άσμα της Ύστερης Βυζαντινής Παλαιολόγειας περιόδου, θα χτιστεί ένα κάστρο στη θέση του σημερινού, το οποίο αρχικά ήταν ξύλινο και χαμηλότερο. Το κάστρο εμφανίζεται στο χρυσόβουλο του Μιχαήλ Παλαιολόγου του Η’ του 1259 μχ πράγμα που αφήνει ανοιχτό το ενδεχόμενο να είναι και προγενέστερο.
Στην ίδια εποχή (13ος αιώνας) η Αρχαιολογία ανάγει και την παρακείμενη στο κάστρο εκκλησία του Αγίου Δημητρίου (της οποίας σώζεται ακόμη τμήμα της τοιχογραφίας των Ύστερων Βυζαντινών Παλαιολόγειων χρόνων), αλλά ενδεχομένως και η – δυστυχώς -κατεστραμμένη στον σεισμό του 1949, εκκλησία της Παναγίας της Σπηλιωτίνας που ήταν πιστό αντίγραφο της Νέας Μονής Χίου που ως γνωστόν κτίστηκε κατά τον 11ο μ.Χ. αιώνα.
Σε κοντινή με τον σημερινό οικισμό περιοχή, πλησίον της Παναγίας Θεοτοκίνας, που σώζονται ερείπια αρχαιότερου οικισμού, πριν μερικές δεκαετίες ο χωριανός Δημήτρης Ζυγλής (ή Καρύδας) βρήκε μια ποσότητα βυζαντινών νομισμάτων. Η περιοχή αυτή εξάλλου εμφανίζεται στο χρυσόβουλο του Μιχαήλ Παλαιολόγου ως Αρογεύτου (Αγιουρευτιάς Θεοτοκίνας στην Πιτυανή ντοπιολαλιά). Εκεί αναφέρεται ως περιοχή στην οποία η Νέα Μονή Χίου έχει 100 οργιές καλλιεργήσιμης γης.
Στην παρακείμενη πλαγιά κοντά στον δρόμο για τα Καρδάμυλα, σε μια περιοχή γεμάτη χαλικουργιές, πριν από δεκαετίες ο χωριανός Δημητρός Καζήλας, βρήκε έναν μεταλλικό Βυζαντινό σταυρό.
Προς διερεύνηση για την Βυζαντινή περίοδο είναι το τοπωνύμιο «Γαλάτικα». Αφορά άραγε κτήματα που άνηκαν στους Βυζαντινούς άρχοντες Γαλάτηδες που εμφανίζονται στην Σμύρνη τον 11ο αιώνα; Ή ίσως τους απογόνους τους που θα έρθουν στη Χίο αργότερα επί Τουρκοκρατίας κατά τον 17ο αιώνα; (βλέπε Βασίλη Αγιαννίδη, Οι Γαλάτες, Απλωταριά 2014, https://www.aplotaria.gr/galates-agiannidis/).
Άλλο τοπωνύμιο προς διερεύνηση για τη Βυζαντινή περίοδο, είναι τα ερείπια στον βοσκότοπο του Αίπους που ονομάζεται Ανδρόλακκος ή Ανδρώνακτος. Ο Ανδρώνακτος ήταν Βυζαντινός άρχοντας της Χίου και η ομώνυμη τοποθεσία στα όρια των βοσκοτόπων του Πιτυούς και του Ανάβατου, υποδηλώνει πως πρέπει να είχε κτήματα στην περιοχή.
Μια σειρά από οικογενειακά επίθετα στο Πιτυός έχουν Βυζαντινή ρίζα: Κριτούλης, Μαυριάνος, Στάσης, Χάβιαρος, Χειλάς, Χλωρός, Χουλιάρης κλπ
Γενουοκρατία
Οι Γενοβέζοι θα πάρουν το νησί από τους Βυζαντινούς το 1346 μχ και θα το κρατήσουν για 220 χρόνια. Το πρώτο πράγμα που θα κάνουν είναι να οργανώσουν την οικονομία και παραγωγή του νησιού, χωρίζοντας το σε ζώνες μονοκαλλιέργειας και αποθήκευσης προϊόντων, ζωτικών για την οικονομία της αποικιακής συνεταιριστικής διοίκησης, της περίφημης Μαόνας.
Αντιλαμβάνονται την φυσική οχυρή θέση του Πιτυούς και το επιλέγουν για να το κάνουν πρωτεύουσα του «θέματος» του τερεβινθέλαιου. Του λαδιού από την επεξεργασία της ρετσίνας δηλαδή, που βγάζει το δέντρο της τσικουδιάς ή τερέβινθου. Αυτό το λάδι, κατάλληλα ραφιναρισμένο, χρησιμοποιήθηκε στα καρνάγια συντήρησης των Γενοβέζικων πλοίων και στις στέγες των σπιτιών, ως φυσικό αδιαβροχοποιητικό υλικό. Για την παρασκευή του ελαίου θα φτιάξουν στο Πιτυός ένα μεγάλο, για τα δεδομένα της εποχής, εργαστήριο με 22 εργάτες.
Τότε είναι που θα πάρουν το παλιό Βυζαντινό κάστρο και θα το μετατρέψουν στον σημερινό πύργο, με σκοπό να δημιουργήσουν στο κάτω ισόγειο επίπεδο, μια μεγάλη δεξαμενή αποθήκευσης του πολύτιμου προϊόντος.
Για την οργάνωση της παραγωγής και για την ενίσχυση της οχύρωσης, θα συγκεντρώσουν τους διάσπαρτους οικισμούς στον σημερινό και θα τοποθετήσουν μόνιμη στρατιωτική φρουρά. Στις ανασκαφές της αναστήλωσης του κάστρου στις αρχές του 21ου αιώνα, οι αρχαιολόγοι βρήκαν σημαντικά ευρήματα, όπως νομίσματα Βυζαντινά, καθώς επίσης και από τη Νάπολη της Ιταλίας και τη Βαλένθια της Ισπανίας των 14ου-15ου αιώνα καθώς επίσης και σφραγίδες, και αντικείμενα καθημερινής χρήσης.
Οι χωρικοί κλήθηκαν να κατοικήσουν στο χωριό σε συνθήκες σχεδόν αποκλειστικής και υποχρεωτικής μονοκαλλιέργειας της τερεβινθιάς και επεξεργασίας για παραγωγή του τερεβινθέλαιου – την οποία με αυστηρούς και δρακόντειους νόμους έπρεπε να παραδίδουν στη Μαόνα. Τους επιτράπηκε να διατηρήσουν μόνο μικρές καλλιέργειες οικιακής χρήσης για τα προς το ζην.
Η συνοικία του Κάστρου που ξεκινούσε από τον πύργο και έφτανε μέχρι τη σημερινή παλιά πλατεία της Απλάδας, περικλείονταν από την εξωτερική οχύρωση του Καστρότοιχου (υπολείμματα του σώζονται ακόμη σε μερικά σημεία του χωριού).
Έτσι λοιπόν, το Πιτυός σε αυτή την θέση, είναι συνάθροιση συνολικά τουλάχιστον 13 μικρότερων οικισμών, γεγονός που συναντάμε και σε άλλα κεφαλοχώρια της Χίου, όπως το Πυργί, τα Μεστά ή τα Καρδάμυλα. Κατά τον Γ. Ζολώτα τα χωρίδια αυτά ήταν ο Ταξιάρχης, ο Άη Γιάννης, ο Άη Σίδερος, ο Άη Δημήτρης, η Σκάφη, τα Βρυσίδια, το Φαρδύ Πηγάδι, η Θεοτοκίνα, τα Γεμέλλικα, του Κρητικού, το Φλώρι , το Λημόκαστρο και τα Πυρομάχια. Σημειώνονται επίσης μεγαλύτεροι ή μικρότεροι οικισμοί στα Σπάρτινα, στα Εκκλησίδια, στα Άρια, στη Σκάφη (Παλαιόπυργος).
Οι μικροί αυτοί οικισμοί υποδηλώνουν μεσαιωνικές εγκαταστάσεις δουλοπαροίκων ή παροίκων, ουσιαστικά ήταν μετόχια, για αυτό και στα περισσότερα από αυτά απέμεινε το όνομα της Εκκλησίας που διέθεταν.
Ειδικότερα η Θεοτοκίνα (προερχόμενη ονομασία από το μεσαιωνικό επώνυμο Θεοτόκης) βρίσκεται προς την κατεύθυνση των Καρδαμύλων. Τα Γεμέλλικα σχετίζονται ιστορικά με τον οίκο των Γεμέλλων, οι οποίοι αρχικά εντοπίζονται στα Κοίλα και αργότερα μετακινούνται προς τα Καρδάμυλα και το Βροντάδο, απόγονοι των οποίων υπάρχουν ακόμα και σήμερα εκεί.
Ο οικισμός του Κρητικού προδίδει, κατά τους Πιτυανούς, κρητική μεσαιωνική εγκατάσταση, από όπου προήλθε και ο Κρητικόλακκος, ονομασία περιοχής κοντά στο Πιτυός. Τα Πυρομάχια βρίσκονταν μεταξύ Ψείρας και Ανδρώνακτος, προς τον Άγιο Σίδερο, όπου εντοπίστηκαν ερείπια οικημάτων και εκκλησίας.
Επιπρόσθετα, η τοποθεσία Μαρτίνος, κοντά στο χωριό παραπέμπει στον Λατίνο ηγεμόνα της Χίου, Μαρτίνο της οικογένειας Ζακαρία (κυβέρνησε το νησί την περίοδο 1314-1329 μχ πριν οι Λατίνοι Σταυροφόροι εκδιωχθούν προσωρινά από τους Βυζαντινούς)
Τέλος το Φαρδύ Πηγάδι θεωρείται το κυριότερο από τα παλιά χωριά του τόπου, του οποίου τους τελευταίους ερειπωμενους συνοικισμούς πρόφτασαν όσοι έζησαν κατά τον 19ο αιώνα και φαίνεται πως ίσως ήταν ο τελευταίος που εγκαταλείφθηκε πριν οι κάτοικοι του εγκατασταθούν στο Πιτυός. Μάλιστα όσοι Πιτυανοί κατάγονταν από εκεί μέχρι και πριν κάποιες δεκαετίες ονομάζονταν Φαδρυπηγαδούσοι.
Στην Γενουατική ιστορία του χωριού, ξεχωριστή θέση έχει ασφαλώς όχι μόνο η στυγνή οικονομική αποικιακή εκμετάλλευση του πλούτου και του μόχθου των χωρικών, αλλά και η πίεση προσηλυτισμού υπέρ της Καθολικής εκκλησίας. Ειδικά την πρώτη περίοδο της Γενουοκρατίας, όταν ακόμη η Κωνσταντινούπολη συνεχίζει να παραμένει Βυζαντινή και οι άρχοντες του τόπου και της Ορθόδοξης εκκλησίας προβληματίζονται για να επιλέξουν είτε την ένωση με την Παπική εξουσία («ενωτικοί») με σκοπό την συνδρομή των Σταυροφόρων και της Δύσης, είτε τον διαχωρισμό και την σχεδόν βέβαια υποταγή στους Οθωμανούς που έρχονται απειλητικά στην περιοχή («ανθενωτικοί»).
Τα περιστατικά του λεγόμενου θαύματος της Αγίας Παρασκευής στη Χίο, με τη μεγάλη πλημμύρα του 1432 μχ που επηρέασε και το Πιτυός, στο οποίο σύμφωνα με την λαϊκή παράδοση υπήρξαν δεκάδες νεκροί χωριανοί και εκατοντάδες πνιγμένα αιγοπρόβατα στον Μάκελο, ίσως να σχετίζεται με τη διαμάχη στους κόλπους της εκκλησίας ανάμεσα σε αυτές τις δύο πτέρυγες.
Στην ίδια εποχή περίπου, o Φλωρεντίνος Φραγκισκανός καλόγερος, γεωγράφος και περιηγητής Cristoforo Buondelmonti , θα αποτυπώσει το Πιτυός στον χάρτη της Χίου που θα σχεδιάσει μετά από ταξίδι του στα νησιά του Αιγαίου και θα το παραθέσει στο έργο του Liber insularum Archipelagi (Βιβλίο περί των νήσων του Αρχιπελάγους) του 1420.
Μια σειρά επίθετα οικογενειών του Πιτυούς, ανάγονται στα χρόνια των Σταυροφόρων και της Γενουοκρατίας, όπως Βέργος, Μπερέτας, Φράγκος, Φέκος, Φέτης κ.λπ. Ενώ τα διαδεδομένα Γιαννόμωρος και Παπαμώρος, είναι συνθετικά του Λατινικού “moro” που σημαίνει «μελαμψός».